Pemerintah melalui Kepala Kantor Wilayah ataupun Kepala Kantor Pelayanan Utama (KPU) memiliki kebijakan untuk melakukan pembekuan terhadap izin fasilitas KITE Pembebasan jika perusahaan yang bersangkutan tidak memenuhi beberapa kriteria penting. Ini termasuk apabila perusahaan gagal melakukan kegiatan impor atau pemasukan barang dan bahan dengan memanfaatkan fasilitas KITE Pembebasan selama satu tahun, tidak mengajukan permohonan perubahan data penting seperti nama perusahaan, alamat, atau Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP), dan tidak menaati ketentuan pembongkaran dan/atau penimbunan barang yang ditentukan. Langkah ini diambil sebagai bentuk pengawasan ketat pemerintah atas pemanfaatan fasilitas pembebasan pajak dan kepabeanan untuk memastikan hanya perusahaan yang memenuhi syarat yang dapat menikmati fasilitas tersebut.

Dalam pelaksanaan, pembekuan juga dapat terjadi jika perusahaan tidak memenuhi ketentuan terkait subkontrak, baik itu dalam hal waktu pelaksanaan maupun pemilihan penerima subkontrak yang telah ditentukan. Selain itu, ketidakmampuan perusahaan dalam menyampaikan laporan pertanggungjawaban, dokumen-dokumen penting untuk monitoring dan evaluasi, serta penggunaan sistem informasi persediaan berbasis komputer juga menjadi penyebab pembekuan fasilitas KITE Pembebasan. Hal-hal administratif seperti tidak memasang papan nama dan ketidakcukupan dalam penatausahaan barang asal fasilitas pun dianggap sebagai kelalaian yang berakibat pada pembekuan izin.

Adapun kondisi lebih serius yang mengharuskan pembekuan izin KITE Pembebasan adalah jika terdapat dugaan tindak pidana di bidang perpajakan, kepabeanan, dan/atau cukai dengan bukti permulaan yang cukup. Juga, jika perusahaan berubah status menjadi Pengusaha Kawasan Berikat atau Pengusaha di Kawasan Berikat dan permohonannya telah disetujui, maka izin KITE Pembebasan akan dibekukan. Inisiatif ini merupakan upaya pemerintah dalam menjaga integritas dan keadilan dalam pemberian fasilitas pembebasan pajak dan kepabeanan, serta memastikan bahwa hanya perusahaan yang benar-benar memenuhi syarat dan bertanggung jawab yang dapat memanfaatkan fasilitas ini untuk kegiatan ekonominya.